Acest nou acord-cadru stabileşte regulile de cooperare între Parlament şi Comisie şi impulsionează totodată metoda comunitară. Încheiat cu cinci ani în urmă, el reprezintă baza cooperării solide între cele două importante instituţii comunitare", a declarat preşedintele Parlamentului, Jerzy Buzek. La rândul său, preşedintele CE, José Manuel Barroso, a apreciat că această cooperare între cele două instituţii pentru următorii cinci ani va permite să "ducem parteneriatul nostru special la un alt nivel (...) reflectat în noul tratat, în beneficiul Europei." A doua fază a negocierilor va fi iniţiată imediat după instalarea noii Comisii pentru a se ajunge în mai-iunie 2010 la un acord–cadru ambiţios, ce va fi adoptat de către plenul Parlamentului. Una dintre realizările majore ale Parlamentului a fost angajamentul Comisiei de a garanta aplicarea principiului de bază al tratamentului egal pentru Parlament şi Consiliu, în special în ceea ce priveşte accesul la reuniuni şi documentaţii concrete referitoare la întâlnirile sale cu experţii naţionali. Pe de altă parte, a fost îmbunătăţită responsabilizarea Comisiei ca organ executiv. Comisia a acceptat să sprijine Parlamentul în viitoarele negocieri privind Serviciul European de Acţiune externă (SEAE), pentru a garanta responsabilitatea deplină a acestui serviciu, inclusiv procedura transparentă de numire a Reprezentanţilor speciali şi a ambasadorilor. În  plus, va fi introdus un timp afectat întrebărilor cu comisarii, inclusiv cu Vicepreşedintele pentru relaţii externe / Înaltul Reprezentant al Uniunii pentru afaceri externe şi politica de securitate. Mai mult, în cazul în care Parlamentul solicită Preşedintelui Comisiei să retragă încrederea acordată unui membru al Comisiei, acesta va analiza în mod serios dacă trebuie să solicite membrului respectiv demisia sau va explica în faţa Parlamentului refuzul său de a lua această decizie, în cadrul următoarei perioade de sesiune. Comisia s-a angajat să întărească poziţia tuturor cererilor de prezentare a unei propuneri legislative solicitate de către Parlament.

Acordul impune date-limită clare: în termen de trei luni de la adoptarea unui raport referitor la o iniţiativă legislativă, Comisia va trebui să prezinte rapoarte privind cursul dat în mod concret; în termen de un an Comisia va prezenta o propunere legislativă sau o va include în programul anual legislativ. În cazul în care nu prezintă nicio propunere, Comisia va prezenta detaliat Parlamentului European motivele sale. Cerinţele Parlamentului cu privire la viitoarele negocieri referitoare la adaptarea Acordului privind o mai bună legiferare au fost luate în considerare. În consecinţă, Comisia va consulta Parlamentul în domeniul legislativ cu caracter neobligatoriu şi va pune la dispoziţia Parlamentului rezumatele referitoare la toate procedurile privind încălcarea dreptului Uniunii pe baza scrisorii de punere în întârziere. Acordul între cele două instituţii include angajamentul Comisiei de a consolida asocierea cu Parlamentul prin furnizarea de informaţii imediate şi complete Parlamentului, în fiecare etapă a negocierilor privind acordurile internaţionale (inclusiv definirea mandatelor de negociere), în special în chestiunile legate de comerţ. În plus, Comisia va facilita acordarea statutului de observator preşedintelui delegaţiei Parlamentului în cadrul reuniunilor relevante. În final, solicitările Parlamentului legate de programarea legislativă au fost acceptate, Comisia acceptând organizarea de reuniuni inter-instituţionale, înainte de adoptarea programului de lucru anual.